藍綠藻分析儀是利用藍藻在光譜中有吸收峰和發射峰這一特性，發射特定波長的單色光照射到水中，水中的藍藻吸收該單色光的能量，釋放出另外一種波長的單色光，藍藻發射的光強與水中藍藻的含量成正比。廣泛應用于自來水廠進口、飲用水源地、水產養殖、地表水、景觀水等不同水體的藍綠藻在線監測。